Jetzt hat es dann doch geklappt. Nach anfänglichen Turbulenzen - die Rektorswahl wurde unerwartet verschoben, Erhard Busek, Uniratsvorsitzender, klagte über Interventionen, teilte aber auch selbst im Vorfeld markige Bewertungen über Qualitäten von BewerberInnen aus - erzielte Markus Müller nun ein einstimmiges Ergebnis. Der bereits im Vorfeld als Favorit gehandelte Vizerektor für Forschung und Leiter der Abteilung für Klinische Pharmakologie setzte sich gegenüber Eduard Auff, Vorstand der Uniklinik für Neurologie und Harald Schmidt, Leiter des Instituts für Pharmakologie an der Universität Maastricht durch. Müller gilt als intimer Kenner der Wiener Verhältnisse. Er übernimmt von Wolfgang Schütz die nicht immer unheikle Aufgabe, als Rektor der Medizinischen Universität auch Arbeitgeber der Ärzte am Wiener AKH, dem größten Krankenhaus Österreichs zu sein, das, weil gleichzeitig Universitätsklinik, von Bund und Gemeinde Wien gemeinsam finanziert wird. 

Müller wird das Amt von Wolfgang Schütz, der die Meduni seit 1996 führte, am 1. Oktober übernehmen.